Setelah 52 tahun berlalu, keabsahan dokumen Supersemar masih menuai kontroversi hingga saat ini. Dari dua versi dokumen yang awalnya diperdebatkan, kini Surat Perintah yang keluar pada 11 Maret 1966 itu telah bertambah menjadi tiga versi, yakni dari Sekretariat Negara, Puspen TNI AD, dan Akademi Kebangsaan. Namun terlepas dari kontroversi tersebut, Supersemar telah dijadikan landasan dari peralihan dua era pemerintahan yang berbeda.